L’Istituto di studi ecumenici “San Bernardino” (ISE) è nato dall’esperienza dei vari corsi di ecumenismo avviati a partire dal 1975 presso lo Studio teologico dei frati minori “S. Bernardino” in Verona. Nel 1981, su richiesta della Conferenza episcopale italiana e d’accordo con le autorità del Pontificio Ateneo “Antonianum” di Roma, questi corsi sono stati strutturati in un biennio autonomo, rispondente alle esigenze accademiche del secondo ciclo per la licenza in teologia, avviando, quindi, la pratica per il riconoscimento dei gradi accademici presso la Congregazione per l’educazione cattolica.

Con l’avvio della sua attività nella nuova sede di Venezia San Francesco della Vigna, l’Istituto ha avuto l’approvazione della medesima Congregazione, con decreto del 1/3/1990, prot. N° 1174/89/12, rinnovata in data 21/08/1996, prot. N° 1174/89/29 e in data 27/10/01, prot. N° 1174/89/35, e in data 29/08/2011, prot. N° 1174/89. La finalità dell’Istituto è quello di promuovere il dialogo ecumenico, come risposta all’invito di Giovanni Paolo II, il quale afferma che “il raggiungimento di una formazione ecumenica dei sacerdoti coinvolge i seminari e le facoltà teologiche, ma suppone anche la fondazione di istituti specializzati per studi ecumenici, e non solo per la necessaria ricerca scientifica, ma anche per una altrettanto necessaria proiezione pastorale” (Discorso ai partecipanti al convegno nazionale degli incaricati diocesani per l’ecumenismo, 26 giugno 1987). L’Istituto, pertanto, si propone di svolgere il ruolo affidatogli dal nuovo Direttorio per l’applicazione dei principi e delle norme sull’ecumenismo, n. 90: “Per svolgere il suo compito ecumenico, la chiesa ha bisogno di un buon numero di esperti in questa materia: ministri ordinati, religiosi, laici, uomini e donne.

Costoro sono necessari anche nelle regioni a maggioranza cattolica ... Gli esperti così formati potranno fornire di personale il movimento ecumenico nella chiesa cattolica, come membri o dirigenti degli organismi responsabili diocesani, nazionali o internazionali, come professori di corsi di ecumenismo in istituti o centri ecclesiastici, oppure come animatori di un autentico spirito ecumenico e dell’attività ecumenica nel loro ambiente”.